据报道，台湾“外交部”网站遭到攻击后，在计算机内发现了大量的木马程序。
“外交部”发言人吕庆龙诬蔑说，目前有证据表明这些黑客大多来自大陆，但“他们在入侵时被管理人员及时发现，并没有造成机密文件外泄”。吕庆龙还声称，近年来，大陆网民数量急剧增长，大陆黑客试图入侵台湾官方网站的事件一直没有停止，某种程度上“还得到了大陆官方的鼓励与支持”。2004年9月，台南市、基隆市、云林县以及台中县的官方网站连续遭到黑客攻击。台湾“行政院”还列出所谓的统计数字：台湾近一段时期遭大陆黑客入侵的网站有42个，计算机多达216台。但是，吕庆龙并没有讲出“外交部”到底掌握了怎样的“确切证据”。他倒是透露了台湾派专门人员攻击大陆数据库的情况，“只是取得的成果目前不方便对外界讲”。
专家分析指出，台湾“外交部”对大陆的指责明显缺乏证据，实际上是在继续炒作“大陆威胁论”。通过网络技术，台湾方面可以轻易地查出入侵黑客的IP地址，但即使发现这些IP地址来自大陆，也不一定能证明黑客本人就在大陆，因为外国黑客借道大陆的计算机或网络入侵台湾网站是完全有可能的，也是有先例的。
至于“大陆官方暗中支持”，就更是无中生有了。实际上，大陆一直明确反对黑客的攻击行为，并将之视为网络犯罪甚至网络恐怖主义。近年来，大陆相继出台了多部维护国际互联网安全的法律法规，刑法也对此进行了明确规定。所以，台湾“外交部”指责大陆官方支持黑客入侵的论调是根本站不住脚的。