黑客可能利用这种工具，获取软件漏洞、口令信息甚至是版权软件代码等。与Google的网络搜索引擎不同，Google代码搜索工具可以在网上搜索实际的代码程序。这为开发者搜索源代码提供了方便，但也存在缺点。
Fortify软件公司的副总裁Mike Armistead称:“这种弱点是，你可以搜索易受攻击的东西，并对其实际攻击。”安全专家称，Google代码搜索工具的安全性是值得关注的。
计算机科学公司的研究员Johnny Long称，黑客此前就利用Google搜索工具进行攻击，而代码搜索工具则是另一种实施攻击的方法。
Google没有宣布要采取措施防止这种问题，尽管这种问题不断出现。今年7月，Websense利用Google搜索工具中的二位制搜索代码搜索网上的恶意代码。